A Associação para o Museu dos Transportes e Comunicações (AMTC) foi criada por escritura pública em 21 de fevereiro de 1992, tratando-se de uma instituição privada sem fins lucrativos, constituída por 19 associados individuais e 28 associados institucionais, a maior parte dos quais naturalmente ligados aos setores dos transportes e comunicações, à cultura e/ou defesa dos interesses da cidade do Porto.

A AMTC é declarada de utilidade pública em 26 de março de 1993 e a 18 de outubro de 1999, é assinado com o Ministério das Finanças o Auto de Cessão do Edifício da Alfândega do Porto para a sua sede, no sentido de alcançar os seus objetivos: a instalação do Museu dos Transportes e Comunicações e de um espaço museológico consagrado à memória do edifício na sua ligação à cidade e à Alfândega.

A AMTC tem igualmente por objetivos a preservação de infraestruturas de reconhecido interesse histórico relacionadas com os transportes e as comunicações, a criação e manutenção de um centro de documentação e informação sobre ambas estas temáticas e o desenvolvimento junto do público de novas formas de interesse quanto à problemática dos transportes e comunicações.

A 14 de dezembro de 2000, a AMTC viu concretizado o seu principal objetivo com a criação do Museu dos Transportes e Comunicações, e atualmente, é através da vasta programação cultural desenvolvida pelo Museu e Centro de Congressos que a Alfândega se liga ao mundo, acolhendo visitantes que aqui vêm em visita ou participar num evento.